1983年，南京工学院成立分析测试中心，隶属机械工程系。

1984年12月，为适应新的科学技术发展趋势，促进学科建设，结合学校已具备的教学科研基础，经充分论证，学校批准，成立材料科学与工程系，由原隶属于机械工程系的金属材料教研组、金属材料研究室、分析测试中心组成，负责组织和进行本学科的教学与科研工作。

1989年8月，为构建校级分析测试平台，学校从材料系、化工系、电子系、物理系等院系抽调了部分人员与设备组建新的东南大学分析测试中心。新的分析测试中心为副处建制，行政挂靠设备处（后为教务处）。

2003年10月23日，校通知[2003]194号文决定，由材料系和化工系以共建共管方式重新组建分析测试中心，重新组建的分析测试中心为校级实验中心，行政挂靠材料科学与工程系，负责对校内外教学、科研服务的业务管理”。当时，有7人、近300万元设备划入材料系，其他3人、94万元设备划入化工系。

2004年3月，分析测试中心以二级法人单位申请并通过了国家级计量认证首次评审，中心向校内外提供的检测分析数据或结果具有法律效力。